1865年春，中亚浩汗国阿古柏挟持张格尔之子布素鲁克，打着宗教的旗号先后攻陷南疆各地，并在1867年建立了“哲德沙尔国”。到1870年，南北疆广大地区都沦为入侵者的势力范围。只有巴里坤、哈密二处尚在清军控制之下，成为以后从侵略者手中收复失地的前哨。
清廷为了反击阿古柏入侵，于1875年任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。左宗棠的得力助手张曜率马步兵14营在哈密屯田，共垦荒两万余亩，并以十万条毛毡铺渠，兴修石城子水渠。同时，“择低清闲地，搜折树枝，排插成林”。湘军从湖南带来的鳝鱼苗也在东西河坝生长了下来。左宗棠幕僚杨昌睿曾赋诗颂扬广栽杨柳这件事：“上将筹边为肯还，湖湘子弟遍天山。新栽杨柳三千里，引得春风度玉关。”
经过两年多艰苦征战，终于在1877年秋，清军完全消灭入侵新疆的阿古柏势力。1880年初，左宗棠定出三路进兵伊犁之策，准备以武力收复被沙俄侵占的伊犁。同年四月十八，左宗棠携棺木出关西征，将大营建在哈密，以示与沙俄决一死战。“大营门”这个地名即源于此。
1885年，左宗棠逝世，哈密厅奉命在老城扎萨克亲王祠西侧建左公祠，供地方官员于春秋两季入祠祭奠。1898年，巴里坤民众为纪念左宗棠指挥大军收复新疆的功绩，修建了左文襄公祠，内有一幅楹联：“运筹帷幄扫魑魅乃砥柱中流，大军出关一统边陲其功盖天山。”1987年，在兵团十三师柳树泉农场西南，发现了一块石碑，因为碑文中记述的是左宗棠平定阿古柏叛乱的史实，后人称它为“左宗棠碑”。碑文已不全，用楷书书写，共计11行字。
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